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把构图变成证据，
把证据变成文章。

当前不是并行项目列表，而是一条闭环：DAG_builder 负责构图引擎，Benchmark 负责实证对比，Article_DAG 负责叙事表达，其余项目支撑 read 链路与应用外延。

V2.4引擎版本
25/25Divergence
N50+Scale 待补
Word论文形态
THESIS
CORE
01 / ENGINE

DAG_builder

增量构图引擎 · V2.4 smoke through。

CURRENT CORE
02 / PAPER

Article_DAG

Nature Methods · 证据链撰写。

WRITING
03 / EVIDENCE

DAG_benchmark

DAG 与 PGGB 的统一评估管线。

25 PAIRS DONE
04 / READ

DAG-Mapper

read → DAG index 入口。

V1.0
05 / APP

Graph_Panel

古 DNA / 群体遗传 panel。

REPORTS
Tap any drawer · 动画过场 + 点击反馈
01 · Engine

DAG_builder

可重复 k-mer 的增量式 DAG 构图。

V2.4 已验证

当前状态

主线源码 wip/DAG_builder_v2.4.cpp（17,807 行）。加入 SP compact PNG、atomic-png 离线渲染、no-anchor join-anyway 与 full weak-component local partition。

验证全部通过

  • O2 链接与 help probe
  • tiny ref / read / atomic-png smoke
  • --sp-png 参数正常列出
02 · Paper

Article_DAG

把算法精神写成 Nature Methods 叙事。

文本修改中

维护形态

后续只维护 Word：01_manuscript/word/Nature_Methods_中文文章草稿.docx。

写作约束

  • 正向肯定，删除辩护残留
  • 正文算法精神，细节放 Methods
  • 摘要放高层范式与结果
03 · Evidence

DAG_benchmark

同一条 GFA-to-evaluation 管线比较 DAG 与 PGGB。

Divergence 完成

已完成

N10 × H025-H400 × R01-R05，25 个 paired replicate。DAG 在所有 H 级 F1 均高于 PGGB。

待补齐

  • Scale：N50/N100/N200
  • 资源边界记录
  • GT-repair sensitivity
04 · Read Path

DAG-Mapper

把 read 序列接到 DAG 的索引域。

V1.0 待测

基本信息

C++17 / CMake 3.16+。主程序 src/DAG_mapper.cpp（5,297 行），使用 dag_index_format_v3.hpp。

角色

read-DAG 链路入口：输出 builder 可消费的 region_reads.tsv。

05 · Application

Graph_Panel

高精度泛基因组图如何改造古 DNA panel。

报告已成型

核心问题

对大量人类全基因组构建高精度泛基因组图后，是否可以设计出比传统 1240K 更好用的 SNP/capture panel？

已有

  • 1240K panel SNP selection report
  • Pangenome graph for better panel design
已切换